קלסיפיקציה של אבי טיפוס classification:
החוקר הראשון שעסק בזה הוא פרדיננד כהן מגרמניה. הוא חילק את המודלים לקבוצות ונתן שמות. אנטוני ואן ליוונהוק רק ראה את המודלים הקטנים ולא טרח להגדיר אותם. עם ההתפתחות של האבטיפוס מכירים יותר ויותר סוגים ומאוד נוח שיש רישום מדויק של כל השמות של הסוגים והמינים הקיימים. יש חוקר Jean Euzeby שאפילו העלה את כל התכונות והשמות של האבי טיפוס לאינטרנט. רשימת החרקים בלבד מונה מיליון מינים שמתוכם 300 אלף זה רק חיפושיות. עולם הפרוקריוטים לעומת זאת, עתיק הרבה יותר (3.8 מיליארד מינים) וידועים רק 7223 מינים! זה מה שמוגדר עם שמות ומוכר לחוקרי המדע. אם כך אנו מכירים 1547 סוגים ו-7223 מינים, נתונים המתעדכנים באופן תמידי. השאלה הבסיסית היא מה זה בכלל מין באבי טיפוס? זה ברור בנוגע לפטנטים ויונקים כי הם לא מתרבים ביחד, אבל באבי טיפוס זה לא רלוונטי כי תאים פשוט מתחלקים. מינים הם לאו דווקא קרובי משפחה, הם יכולים להיות שונים לחלוטין. John Locke היה פילוסוף שעסק בזה והוא אמר שאם אנחנו כבני אדם ממיינים את מה שסביבנו זה מלאכותי לחלוטין, אין קלסיפיקציה כירסוםית. ההגדרה היא דרגה גבוהה של דמיון. אבל מי זה שקובע דמיון גבוה או שוני משמעותי שיפריד אבי טיפוס למינים שונים? קיימת גישת ה- polyphasic שלפיה צריך להתייחס לתכונות פנוטיפיות ותכונות הגנום, כולל מולקולת המפתח 16S שתמקד את האבטיפוס בעץ הפילוגנטי. הסכנה הגדולה היא ש-16S זה רק גן אחד מתוך כל הגנים ולכן הולכים יותר להיברידיזציה בין דנ"א שלם. ככל שהדמיון יותר רב הקשירה יותר קרובה. אם הגנומים בקושי נקשרים הקרבה לא רבה. מעל 70% זה מין אחד ופחות מזה מדובר במינים שונים. לגבי יונקים זה אחרת- הדמיון בין האדם והשימפנזה הוא 98.4%! מתברר שבאבי טיפוס אפילו אותו ערך של 70% גבוה מדי כי גם בין אבי טיפוס מאותו מין יש תכונות שונות לחלוטין והדמיון הוא 93%. זה אומר שמין וקטגוריות באבי טיפוס זה תחום מורכב.
יש לציין שבניית אבי טיפוס נעשית בדר"כ עלידי עיבוד שבבי
בלוג הנמצא ה blogger.com ועוסק בנושא העיבוד השבבי, הוא הבלוג: עיבוד שבבי והוא מומלץ בחום גם ע"י הבלוג כירסום וחריטה
מבחינת שמות של אבי טיפוס יש מעין חוקה- כאשר בוטנאי מגלה צמח והוא חושב שזה חדש אז הוא רוצה לתעד את זה צריך כמובן לוודא שהוא לא תועד בעבר ע"י מישהו אחר. בוטנאי יצטרך לחזור עד 1794 שהתחילו לתת שמות לצמחים. זואולוג נמצא באותו מצב. בעולם הפרוקריוטים יש מהפך מאז 1980- כל השמות לפני זה לא תקפים וב-1980 עשו רשימת שמות מאושרים של אבי טיפוס. אותה רשימה הכילה כ-2000 שמות ואותה אפשר לראות רק בעיתון אחד אליו אפשר להכניס שמות חדשים כך שפעם בחודש שהוא מופיע אפשר לראות את כל הרשימות. כלומר מהבחינה הזאת המצב נוח.
יום חמישי 14 פברואר 2008
אינטראקציות של מיקרואורגניזמים עם הסביבה שלהם
מכיוון שמדובר במיקרואורגניזמים שחיים במדיום נוזלי צריך להתייחס להיבטים אחרים בפיסיקה. באופן מעשי יש כוחות נוספים כמו הדיפוזיה. תא יכול לבחור בין האפשרות להשקיע אנרגיה ולנוע למקורות המזון שלו (לנוטריינטים) לבין האפשרות לחכות שיעברו אליו בדיפוזיה. במימדים קטנים של מיקרואורגניזמים זה שיקול אך כמובן שמדובר בגופים גדולים זה לא אפשרי.
במודלים קטנים תהליכי הדיפוזיה מאוד מהירים, ומכאן החשיבות של תהליכי הדיפוזיה באינטראקציה בין האבטיפוס וסביבתו שרלוונטיים ליחסים מיקרונים. בנוסף, אם האבטיפוס יצטרך להתאמץ כדי להגיע למקורות המזון הוא יצטרך להשקיע הרבה יותר אנרגיה בגלל שהחיכוך שפועל עליו במים גדול בהרבה פר יחידת ביומסה. כוחות החיכוך יעצרו אותו מיד, לכן האנרגיה שהוא צריך להשקיע הרבה יותר גבוהה פר יחידת מסה בהשוואה לגופים גדולים.
\ מכאן שהעולם המיקרוני נשלט ע"י תהליכי דיפוזיה מהירים והוא עולם צמיג מאוד שבו כוחות ההתמדה שאנו מייצרים בקלות אינם רלוונטיים.
שאנחנו מדברים על דיפוזיה יש שני חוקים בסיסיים- (1) החוק הראשון של פיק, בדיפוזיה בין שתי נקודות. שמדובר על מרחקים מיקרונים הדיפוזיה תהיה משמעותית יותר. (2) כשמכניסים את גורם הזמן אז השינוי בריכוזים בין שתי נקודות זמן שונות יהיו ביחד לריבוע שינוי הריכוזים והיחס בניהם. כלומר קצב הדיפוזיה ייעשה הרבה יותר מהיר שהמרחק קטן ושהשינוי בריכוזים גדול הרבה יותר.
עיבוד שבבי הדפסה תלת ממדית אבטיפוס אבי טיפוס פטנט כירסום חריטה עיבוד שבבי אנימציה פטנטים פטנטים והמצאות
